2016年昆明“基因组二三代测序，转录组分析”实操班

近年来，随着现代分子生物学的发展，特别是新一代测序技术和生物信息学的快速发展，不断产生出巨量的分子生物学数据，这些数据有着数量巨大、关系复杂，以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。这样，生物信息学作为新兴学科迅速蓬勃发展，正在改变人们研究生物医学的传统方式，成为探索生物学底层机制和研究人类复杂疾病诊断、治疗及预后的重要工具，广泛应用于生命科学各个领域，已成为21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口。“智能信息处理技术”为人力资源与社会保障部中国科学院北京分院国家级专业技术人员继续教育基地培训点培训项目，“生物信息”为智能信息处理技术系列培训项目之一。为进一步推动我国生物信息学特别是基因组学的发展，提高从业人员的技术水平，北京海淀中科计算技术转移中心（中科院计算所技术转移中心）举办“生物信息学最新技术”暨“转录组与基因组”高级培训班，并由北京嘉诚永恒科技有限公司具体承办，具体通知如下：

一、生物信息学介绍

生物信息学介绍与前沿技术动态

二、序列的比对

(1) 全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer

(2) 局部比对  Blast, Sim4,Genewise

(3）序列比对算法分析

三、基因组/基因注释分析

(1) 新一代测序技术原理和数据处理介绍

(2) 基因组拼接与组装

基因组de novo组装方法

重复序列分析技术

(3) RNA分析

tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

RNA干扰，SiRNA预测技术
(4) 基因预测
原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus
(5) 基因功能注释及常用的数据库介绍

四、基因组学的进展及应用

基因组学的进展及应用

第二代测序技术基本原理（Illunima，454，Ion Torrent）

第三代测序技术基本原理（Hellicos，PacBio, Nanopore，NABSys）

LINUX基础

LINUX实战

登陆到云服务器（实验）

LINUX环境下的软件安装（实验）

常用LINUX命令（实验）

简单shell脚本的编写（实验）

五、基因组测序组装和转录组分析

基因组测序和组装

序列拼接原理

研究实例

从头测序序列拼接（实验）

重测序分析（实验）

基因组注释（实验）

转录组分析（1）

RNA-Seq实验原理

ISO-Seq实验原理

实验设计注意事项

RNA-Seq的主要分析方法和原理

数据质量检查和质量控制（实验）

数据前处理（实验）

六、转录组分析

转录组分析（2）

转录组拼接方法

转录本定量方法

差异表达分析方法

研究实例

转录组分析（3）

无参考序列RNA-Seq数据分析（Trinity实验）

Trinity实验分析结果解析

有参考序列RNA-Seq数据分析（Tuxedo package实验）

Tuxedo package实验分析结果解析

七、 R语言基础

R和R studio的安装

从bioconductor下载安装packages

R绘图基础，correlation matrix ,dot plot